در آیندهٔ نزدیک، جهان توسط شرکت Brain هوشمند اداره می‌شود، با این که نود درصد جمعیت انسان‌نما هستند و نژاد انسانی روز به روز در حال نابودی است. تاکومی اینوی، کماندار فایز، روزی به عنوان ناجی بشریت شناخته می‌شد تا این که در حملهٔ نیروهای Brain هوشمند، پنداشتند که مرده است. از آن زمان گروه‌های شورشی انسانی به مرکز Brain هوشمند حمله کرده‌اند تا سُرمهٔ امپراطور را بدست آورند، اما موفق نمی‌شوند. کیبا یوچی، ناویا کایدو و یوکا اُسادا سعی می‌کنند تنش‌ها را میان هر دو نژاد کاهش دهند اما نشست صلحشان با حملهٔ نیروهای Brain هوشمند و جنگجوی جدیدشان، کماندار فایز را دوباره به دنیای خود بازگردانند تا با Brain هوشمند برای همیشه به سرنوشتی که در پیش است پایان دهند.