در ژاپن در سال ۲۰۳۵، در جریان یک پروژه پژوهشی حادثه‌ای به نام «انفجار» رخ می‌دهد که موجود زنده‌ای مصنوعی به نام «مواد» را تولید می‌کند که در سراسر دره کاروبه پخش می‌شود. شهر پژوهشی که زمانی به عنوان امید بشر شناخته می‌شد، از سوی دولت محصور شده است. دو سال بعد، ایگو تاکیبانا ۱۵ ساله که خانواده‌اش را در انفجار از دست داده است، چیز عجیبی را از یویا کانزاکی، دانش‌آموز جدید مدرسه‌اش، می‌آموزد. چیزی در بدن او پنهان است و پاسخ پازل در «نقطه اولیه» که مرکز انفجار بود، نهفته است. ایگو تصمیم می‌گیرد به منطقه محدود نفوذ کند، با تیمی از غواصان همراه و با راهنمایی یویا. وقتی پسر با دختری در دست سرنوشت بشریت در اختیار می‌گیرند، چه حقیقت تازه‌ای روشن می‌شود؟