تا سال 2039 گرمایش جهانی باعث بالا آمدن سطح دریاها و از دست رفتن بخش زیادی از سرزمین‌ها می‌شود. گروهی اسرارآمیز از ناوهای جنگی در مه پنهان که ناوگان مه را تشکیل می‌دهد در هر گوشه اقیانوس ظاهر می‌شود و به ناوهای انسانی حمله می‌کند. انسانیت برای مقابله با آن با تمام قدرت می‌جنگد اما در برابر نیروی مه به شدت شکست می‌خورد و مسیرهای تجاری انسانی توسط ناوگان مه مسدود می‌شود. هفت سال بعد، زیردرِ ناوشون I-401 در مقابل کِدِ Gunzo Chihaya ظاهر می‌شود. موجود زنده انسان‌نما که خدمه این زیردریایی را هدایت می‌کند از هم‌دستان دشمن نیستند و خدمات خود را به بشریت ارائه می‌دهند.