کنچی میتسوبا، پسری ۱۱ ساله و معمولی است که به مدرسه راهنمایی می‌رود و در تحصیلاتش مشکل دارد. او بسیار لجباز و تنبل است و به همین دلیل همیشه والدین و معلمش را ناامید می‌کند. او عاشق پیدا کردن راه‌های آسان برای انجام کارهاست. او با هاتوری کازو، یک نینجا از قبیله ایگا دوست می‌شود و هاتوری به خانواده میتسوبا ملحق می‌شود، به همراه برادرش، شینزو و سگ نینجا، شی شی مارو. هاتوری به کنچی در مشکلاتش کمک می‌کند و به عنوان یک دوست خوب همیشه مراقب اوست. دشمن اصلی داستان، کموماکی، یک نینجا از کلا کگا و گربه نینجایش، کاگه‌چی‌یو، همیشه برای کنچی مشکل ایجاد می‌کنند، عمدتاً به خاطر دشمنی‌شان بر سر یک دختر، یومکو. کنچی از هاتوری می‌خواهد که انتقام بگیرد که این موضوع در بسیاری از قسمت‌ها تکرار می‌شود. اگرچه هاتوری دوست خوبی است، اما کنچی گاهی به خاطر سوءتفاهم‌هایی که کموماکی ایجاد می‌کند با هاتوری دعوا می‌کند. گاهی اوقات جیپو، توگه‌جیرو و تسبامه به او کمک می‌کنند.