ده سال پس از نبرد مراسمی، پسری نوجوان به نام جدای یوکی (جادن یوکی) به سمت آکادمی دوئل (Duel Academy) واقع در یک جزیره دورافتاده در سواحل ژاپن می‌رود. در آنجا با همکلاسی‌هایش آشنا می‌شود و چند دوست و چند دشمن پیدا می‌کند. جدای در پایین‌ترین رده یعنی اسیریس رد (Slifer Red) قرار می‌گیرد، اما او به آزمایش مهارت‌هایش در برابر دانش‌آموزان و کادر آموزشی ادامه می‌دهد تا ارزش خود را به عنوان یک دوئلیست ثابت کند و احترام همه اطرافیانش را به دست آورد.