دکتر اوکی، دانشمند نابغه که نوعی زیر دریایی تازه طراحی کرده است، مفقود شده است. پسرش، سوسومو، شریرای شیطانی گروه ناشناخته ای را بو می‌کشد. او از تمامی تجهیزات، سلاح‌ها، کارکردها و ظرفیت زیر دریایی پدرش با نام «ابر ۹۹» آگاه است. سوسومو فکر می‌کند یافتن پدرش به افشای سازمان مخفی، حزب کلاه‌گذاری، و توقف توطئه آنها مربوط می‌شود. با کمک دوستانش و نیروی دریایی، او به یک ماجراجویی زیر آبی می‌رود و از خطرهای مسیر خبر ندارد...