وقتی چهار لاکپشت خانگی در مایع بیگانه غوطه‌ور شدند، شروع به جهش کردند و به لاکپشت‌های نینجا نوجوان تبدیل شدند. آنها در فاضلاب‌های شهر نیویورک توسط پدرخوانده و استاد دانای خود، مستر اسپلینتر، بزرگ شدند و علیه جرم و جنایت مبارزه می‌کنند. تحت رهبری مستر اسپلینتر، چهار لاکپشت هنر باستانی نینجیتسو را یاد می‌گیرند و مهارت‌های استتار، استفاده از سلاح و مبارزه را تسلط می‌یابند. آنها در برابر هر نوع شرارت، از باندهای وحشی، جنایتکاران پست، سایبورگ‌های دیوانه و حتی اتحادیه جنایتکاران «فوت» که توسط رقیب اصلی‌شان، «شردر» رهبری می‌شود، ایستادگی می‌کنند.