در سال 2059، پنج دهه پس از جنگ فضایی اول که در داستان اول مکروس دیده شد، مکروس فرانتیر، ناوگان فوق‌العاده‌طولانی‌مدت کلاس جدید مکروس، در حال سفر در کهکشان به یک بهشت جدید برای نامگذاری خانه است. با این حال، این ناوگان در حالت جنگ با دشمن عجیبی به نام واژرا قفل شده است. اوزما لی، رهبر تیم اسکال S.M.S. که در خط مقدم با واژرا می‌جنگد، روزی با یک موجود زندگی‌ساز مرموز مواجه می‌شود که حتی از واژرا هم متفاوت است. این موجود مرموز یک ویدئوی آرشیوی از ناوگان استعمار مکروس 7 را با اوزما، رانکا و شرل به جا می‌گذارد.