پس از دستگیری برای تلاش برای ترور رايکاي، رهبر کوموگاواکوره، و همچنین کشتن ژونین از کیریگاکوره و ایواگاکوره، ناروتو در آزمایشگاه بازداشتگاه جنایی به نام زندان خونین زندانی می‌شود. میو، استاد قصر، از فنّ آزادی نهایی برای به‌دست آوردن قدرت از زندانیان استفاده می‌کند، و در این زمان ناروتو متوجه هدفمند بودن زندگی‌اش می‌شود. این آغاز جنگی برای آشکارسازی حقیقت پشت قتل‌های رازآلود و اثبات بیگناهی ناروتو است.